Utredningen har lämnat förslag till ändringar i fiskelagen (1993:787) och förordningen (1998:1252) om områdesskydd enligt miljöbalken m.m. Förslagen avser anpassningar av de bestämmelser som genomför artikel 6.2 i art- och habitatdirektivet. Anpassningarna ska göras i förhållande till de möjligheter som Sverige som medlemsstat i Europeiska unionen har att, antingen ensidigt eller tillsammans med andra medlemsstater, anta bevarandeåtgärder som rör fiske i unionens vatten. Förslagen innebär följande.

• Genom en ändring i 2 § förordningen om områdesskydd enligt miljöbalken m.m. ska ansvaret för fiskeregleringen i Natura 2000-områden i havet ges till Havs- och vattenmyndigheten. Myndigheten ska också ges ansvar för att underrätta regeringen när det finns behov av att inom ramen för den gemensamma fiskeripolitiken begära att Europeiska kommissionen antar lagstiftning om bevarandeåtgärder. I en ny paragraf i samma förordning, 22 a §, begränsas länsstyrelsens föreskriftsrätt så att länsstyrelsen inte längre ska kunna meddela föreskrifter om skydd av Natura 2000-områden som avser begränsningar av fiske i havet. En upplysning ska göras i den nya paragrafen om att det i förordningen om fisket, vattenbruket och fiskerinäringen finns bemyndiganden att meddela föreskrifter för fiskevården och om vilken hänsyn som vid fisket ska tas till naturvårdens intressen, dvs. föreskrifter om skydd av Natura 2000-områden.
• Havs- och vattenmyndighetens rätt att meddela föreskrifter om vilken hänsyn som vid fisket ska tas till naturvårdens intressen ska utvidgas. Utvidgningen görs genom införandet av en ny paragraf i fiskelagen, 20 a §. I den paragrafen ska det framgå att hindret mot föreskrifter som avsevärt kan försvåra fisket inte ska gälla föreskrifter som behövs för att förhindra att fiske medför försämring och betydande störningar i ett Natura 2000-område. Sådana föreskrifter ska kunna vara precis så ingripande som krävs för att kravet enligt artikel 6.2 i art- och habitatdirektivet ska kunna uppfyllas. Den utvidgade föreskriftsrätten ska dock gälla endast i de delar av Sveriges sjöterritorium i havet inom vilka inga andra medlemsstaters fiskefartyg har rätt att fiska, dvs. i det område i havet där Sverige enligt bestämmelserna i den gemensamma fiskeripolitiken har befogenheter att vidta nationella bevarandeåtgärder.
• I en ny paragraf, 16 a §, i förordningen om områdesskydd enligt miljöbalken m.m. ska det anges att de åtgärder som ansvariga myndigheter i dag, enligt 16 § samma förordning, är skyldiga att vidta med hänsyn till det skyddsintresse som föranlett att ett område förtecknats som Natura 2000-område ska innefatta att förhindra försämring och betydande störningar som fiske i havet kan medföra för ett Natura 2000-område.