Djurhälsa hos vattendjur och kontroll av vattenbruksanläggningar regleras på EU-nivå genom rådets direktiv 2006/88/EG och europaparlamentets och rådets förordning 2004/882/EG. Bestämmelserna är införlivade i svensk lagstiftning i fyra olika föreskrifter (SJVFS 1998:98, SJVFS 2009:42, SJVFS 2011:34 och SJVFS 2006:15).  I syfte att förenkla för vattenbrukare och myndigheter föreslås att dessa fyra föreskrifter ska slås samman till en föreskrift. Sammanslagningen ska enligt förslagsställaren leda till ett tydligare regelverk som underlättar för berörda parter och minskar den administrativa bördan. Standardiserade blanketter kommer att tas fram för att förenkla redan existerande ansöknings- och rapporteringsrutiner och genom att Jordbruksverket blir den direkta mottagaren av vattenbrukarens årsrapport, istället för att som nu först gå via Länsstyrelsen, vill förslagsställaren uppnå effektivare handläggning och myndighetshantering. På detta sätt hoppas regelgivaren minska de administrativa kostnaderna för vattenbrukarna.

Remissen innehåller slutligen ett förslag om ny en regel som innebär att vattenbrukaren, i dialog med veterinär eller djurhälsoinspektör, ska upprätta en åtgärdsplan i syfte att hålla god hygienpraxis och förebygga spridning av sjukdomar. Kravet på god hygienpraxis härrör från artikel 9 i rådets direktiv 2006/88/EG och målet är att vattenbrukaren därigenom ska bli mer medveten om risken för sjukdomar och om hygien